Являясь ведущей организацией международных студенческих спортивных соревнований, и второй организацией по проведению соревнований по многим видам спорта в мире, FISU обладает гибкой и эффективной структурой.

163 ассоциации образуют Генеральную Ассамблею.

Генеральная Ассамблея собирается каждые два года, обычно во время проведения летней универсиады. Именно в течение этого периода определяется политика FISU и утверждается ее финансовое управление. Каждые 4 года Генеральная Ассамблея выбирает членов Исполнительного Комитета, которая состоит из 23 представителей плюс 5 представителей членов Континентальных ассоциаций. Этот комитет представляет Совет директоров FISU.

Для ежедневного администрирования Федерации, Исполнительный комитет полагается на Генерального секретаря, которого назначает штат и различные комиссии.

Две важные составляющие: Организационные комитеты и Международные спортивные федерации должны быть обязательно включены в организационную структуру. Секретариат FISU, комиссии FISU, Организационные комитеты и Международные Спортивные Федерации работают в тесном сотрудничестве в рамках подготовки спортивных мероприятий, Универсиад и Чемпионатов Мира среди студентов.

Комиссии FISU, Исполнительный комитет назначают членов во время их встречи, сразу после собрания Генеральной Ассамблеи.

FISU тесно контактирует с основными международными спортивными организациями, такими как МОК, GAISF, WADA и, конечно, со средствами массовой информации. FISU играет важную роль в отношениях с политическими властями стран, в которых проводятся мероприятия Федерации.

Ключевые персоны FISU

Клод-Луи Галльен

Президент FISU

Олег Васильевич Матыцин

Первый вице-президент FISU, Президент Российского спортивного студенческого союза

Стефан Берг

Вице-президент FISU

Эрик Сайнтронд

Генеральный секретарь FISU

Марк Ванденплас

Директор летних Универсиад FISU

Джон Варнок

Председатель международной технической комиссии FISU